Ursprünglich wurde Wüstensachsen vom 1255 erstmals erwähnten Pfarrer mit Sitz in Hilders betreut, der zuständig war für das Gebiet des Einzugsbereiches der Ulster. Am 27. Oktober 1520 präsentierte Balthasar von Steinau-Steinrück dem Bischof von Würzburg einen neuen Pfarrer für die Pfarrei Wüstensachsen-Reulbach. Damit wurde Wüstensachsen erstmals 1520 als Pfarrei erwähnt. Im Zuge der Refomation berief Balthasar von Steinau-Steinrück den Markus Sebander, der die neue Lehre in Wüstensachsen einführen sollte. Nach der Ausgliederung aus dem Verband der Pfarei Hilders wurde Wüstensachsen eine protestantische Pfarrei, zu der Reulbach und Brand hinzukamen. Nach dem Tod von Balthasar von Stein-Steinrück wurden von Thüngen zu Patronatsherren von Wüstensachsen. In der Folge des Religionsfriedens 1555 entfernte der Bischof von Würzburg als Landesherr den protestantischen Prediger Johann Günther von Wüstensachsen und setzte den katholischen Priester Johann Neuber ein, der nach dem Sieg der Schweden 1632 Wüstensachsen verlassen musste. Die protestantischen Grundherren beriefen Jakob Kuhnreich als Pfarrer nach Wüstensachsen, der 1634 ins thüringische floh und nach dem Westfälischen Frieden zurückkam, nach dem Wüstensachsen eine protestantische Pfarrei blieb. Als 1669 die Universität Würzburg fünf Sechstel von Wüstensachsen besaß, wurde 1675 auch eine katholische Pfarrei errichtet, der sich die meisten Ortsbewohner anschlossen. Nachdem 1867 Wüstensachsen mit dem ehemaligen Kreis Gersfeld preußisch wurde, kam Wüstensachsen 1871 zum Bistum Fulda und gehörte zum Dekant Hilders. Seit 2007 gehört die Pfarrei zum Pastoralverbund St. Michael Hohe Rhön und zum Dekanat Rhön mit 35.225 Katholiken.